La gestion du Fertifond P est une gestion par lot. Un lot correspond aux boues isolées dans une cellule de stockage. Il s’agit le plus souvent des boues correspondant à une semaine de production (environ 2 500 à 3500 tonnes de boues).
Le site Seine aval dispose d’aires de réception séparées qui permettent d’individualiser chaque semaine de production. Les aires de réception sont organisées en 2 plateformes, divisées en 3 secteurs.

Une fois la semaine de production achevée, le Fertifond P est acheminé vers une cellule de stockage. Il restera dans cette cellule jusqu’au retour des résultats d’analyses . Ces analyses sont confiées à un laboratoire externe, agréé. L’ensemble de ces informations sont indiquées sur une feuille de localisation. Elle permet à chacun des acteurs, SIAAP et SEDE Environnement, de savoir où se trouve chaque lot de Fertifond P.