La crise de la Covid-19 a impacté de nombreux domaines et notamment la gestion des boues d’épuration dans lesquelles des traces d’ARN du virus sont susceptibles d’être retrouvées. Ceci a impliqué de revoir les épandages de boues afin d’assurer la sécurité des salariés les manipulant et de la population proche des lieux d’épandage.
La pandémie du Covid-19 a été officiellement déclarée en région Ile-de-France le 15 mars 
2020. Alors que les épandages de boues débutaient pour la période du printemps, des interrogations ont été émises sur la poursuite de ces pratiques.
En effet, dans son avis du 27 mars 2020, l’ANSES (Agence Nationale Sécurité Sanitaire Alimentaire Nationale), saisie sur le sujet, mentionne une possible présence d’ARN du SARS-CoV-2 dans les selles. De ce fait, un risque de propagation du virus via la valorisation agronomique directe des boues d’épuration urbaines a été soulevé.
Dans la circulaire du 2 avril 2020 et les FAQ (Foire Aux Questions) qui ont suivi, les 
Ministères de l’Agriculture et de l’Écologie indiquent que seules les boues ayant subi un traitement d’hygiénisation (au sens de l’arrêté du 8 janvier 1998, arrêté fixant les prescriptions applicables aux épandages de boues) peuvent être épandues. Les producteurs de boues ont donc dorénavant l’obligation de doubler les analyses microbiologiques et faire un suivi poussé du processus d’hygiénisation. Ces préconisations ont été reprises dans l’arrêté du 30 avril 2020 précisant les modalités d’épandage des boues issues du traitement des eaux usées urbaines pendant la période de covid-19.
Selon l’arrêté du 8 janvier 1998, les boues sont dites “hygiénisées” lorsqu’elles ont subi un traitement qui réduit à un niveau non détectable les agents pathogènes présents et quand elles satisfont les exigences suivantes :
- Salmonelles < 8 NPP/10g de matières sèches
- Entérovirus < 3 NPPUC/10g de matières sèches
- Oeufs d’helminthes < 3/10g de matières sèches
- Coliformes thermotolérants
- valeur obtenue lors de l’analyse de caractérisation (6 NPP/10g de matières sèches pour Seine aval sur les BTF)
Les boues de Seine aval destinées à l’épandage agricole subissent un processus d’hygiénisation : cuisson des boues à 20 bars de pression et 190°C minimum, pendant 45 minutes. Les analyses microbiologiques sont réalisées toutes les semaines, allant au-delà des préconisations de l’arrêté du 8 janvier 1998. Les résultats des analyses démontrent le statut “hygiénisé” des boues qui peuvent donc être évacuées, comme les années précédentes, en tête de parcelle dans l’attente des épandages estivaux. Cette année, les épandages d’été se sont déroulés du 24 juillet au 13 novembre 2020 selon le calendrier d’épandage autorisé. Ce sont donc environ 23 800 tonnes de boues qui ont été épandues sur les 13 départements qui composent le périmètre d’épandage de Seine aval.
Le SIAAP possède tous les enregistrements du suivi des températures du processus d’hygiénisation, les tenant à la disposition des autorités compétentes en complément du premier envoi effectué au mois d’avril. Le SIAAP met également son site internet “bouesseineaval.siaap.fr” régulièrement à jour avec à disposition les analyses de boues.
Les boues ne présentant pas de résultats microbiologiques satisfaisants (coliformes thermotolérants > 6 NPP/g de matières sèches pour les BTF) ou ne subissant pas de processus d’hygiénisation sont automatiquement envoyées en filière alternative de compostage permettant leur hygiénisation. Le compostage, grâce à l’alternance de processus aérobie et anaérobie, permet d’élever la température du tas pendant une période donnée et ainsi d’hygiéniser le compost.
La direction innovation du SIAAP travaille en relation étroite avec le laboratoire LaboCEA pour la recherche du SARS-COV-2 dans les boues. Son objectif est d’étudier la persistance du virus dans les boues et l’efficacité des différentes filières de traitement.