Une fois la certification obtenue, des contrôles réguliers sont organisés. Ces contrôles sont de 2 types : des contrôles internes et des audits de suivi externes.

L’objectif du contrôle interne est que l’entreprise vérifie périodiquement qu’elle respecte bien les caractéristiques certifiées du présent référentiel.
Il consiste en un contrôle annuel au minimum de façon à vérifier le respect de l’ensemble des caractéristiques certifiées, sur la base d’un questionnaire qui comporte, pour chaque caractéristique, l’ensemble des points à vérifier.
L’entreprise remplit le questionnaire en fonction de sa situation par rapport à chaque point (conforme / non conforme).
Les actions correctives à mettre en oeuvre face aux non-conformités détectées sont déterminées avec le personnel concerné et notées sur le questionnaire, avec le délai de réalisation (immédiat, sous une semaine, …).
Au fur et à mesure de la mise en oeuvre de ces actions correctives, l’entreprise s’assure de leur efficacité. Lorsque qu’une non-conformité est levée, elle note la date sur le questionnaire de contrôle interne.

La bonne réalisation des contrôles internes est vérifiée par l’organisme certificateur lors de son audit de suivi annuel.

Un comité de suivi s’assure du bon fonctionnement de la filière de Recyclage Agricole.
Ce comité de suivi comprend un représentant du producteur de boues, de chacun des prestataires chargés du transport, de l’épandage, du suivi et de l’auto-surveillance, des utilisateurs et de l’organisme indépendant chargé du suivi agronomique (s’il existe).

Il se réunit au moins une fois par an. Selon les thèmes traités, il peut créer des commissions spécialisées

Le comité de suivi :
-est informé des modifications apportées au manuel d’instruction de la filière et à la politique qualité des boues,
-analyse le niveau de satisfaction des utilisateurs et la synthèse des réclamations pour définir les points à améliorer. Des plans d’actions sont formalisés et mis en œuvre afin d’améliorer ces points.
-détermine les participants supplémentaires qu’il y a lieu de convier à la réunion annuelle.
-clôture les actions correctives suite au contrôle interne de la filière dans le cadre de la certification de services,
-décide des éventuelles actions de communication à engager (par exemple porte ouverte), passe en revue les objectifs qualité, statue sur les actions de formation devant être entreprises par les intervenants de la filière.

Les caractéristiques certifiées sont au nombre de 37 et sont regroupées en 8 catégories.
Ces catégories sont :
-le respect de la réglementation,
-la définition d’une politique qualité,
-la sécurisation de la filière,
-la maîtrise des doses d’apport,
-la traçabilité,
-le respect de l’environnement,
-l’information et la communication,
-les compétences.

La qualité intrinsèque des matières fertilisantes recyclées ainsi que les conditions de leur production ne font pas partie du périmètre de la certification et seule la prestation de services de Recyclage Agricole est certifiée.