C’est la directive européenne 91/676/CEE du 12 décembre 1991 dite directive « nitrates » qui constitue le principal instrument réglementaire pour lutter contre les pollutions liées à l’azote provenant de sources agricoles. Elle concerne l’azote toutes origines confondues (engrais chimiques, effluents d’élevage, effluents agro-alimentaires, boues,..) et toutes les eaux quels que soient leur origine et leur usage.

L’application nationale de cette directive a débuté en 1994 et comprend plusieurs volets :

-La délimitation de zones vulnérables dans les secteurs où les eaux présentent une teneur en nitrates approchant ou dépassant le seuil de 50 mg/L et/ou ont tendance à l’eutrophisation (prolifération des algues). La délimitation actuelle en France métropolitaine concerne 74 départements. Elle s’appuie sur les observations des campagnes de surveillance de la qualité des eaux souterraines et superficielles qui a confirmé la poursuite de la dégradation de la qualité dans les secteurs pollués.

-La définition de programmes d’actions dans les zones vulnérables s’appliquant à tous les agriculteurs de cette zone.